Você certamente pode armazenar todos os seus documentos em uma coleção, no entanto, provavelmente é mais fácil e limpo a longo prazo armazenar apenas um tipo em uma coleção (de uma perspectiva C#). Você pode fazer isso criando uma classe com um método de extensão no MongoDatabase.
public static class MyDatabase
{
public static MongoCollection<T> GetCollection<T>(this MongoDatabase db)
{
var name = typeof(T).Name;
return db.GetCollection<T>(name);
}
}
Então você pode simplesmente chamar GetCollection com seu tipo e o nome ficará oculto do seu código geral. Você também pode criar algo assim para abstrair as coisas um pouco mais:
public class MyDatabase
{
private MongoDatabase _db;
public MyDatabase(MongoDatabase db)
{
_db = db;
}
public MongoCollection<object> Objects
{
get
{
return _db.GetCollection<object>();
}
}
}
Com isso você pode simplesmente fazer
var client = new MongoClient();
var server = client.GetServer();
var db = server.GetDatabase("MyDb");
var myDb = new MyDatabase(db);
myDb.Objects.Find();
Este
Find mapeará para executar em relação aos Objects coleção, basta substituir <object> com o seu tipo e dê um nome à coleção. 
