retornar o erro de resolução na função do nó

Porque você não está passando corretamente o usuário buscado para o query.exec .

Você precisa fazer:

var Users  = require('../models/users-model.js');

function usernametoid(id) {
    return new Promise( function (resolve, reject) {
        Users.findOne({ username : id }).then( function(user){
          //If you use lodash you can do _.isNull(user)
          if(user == null){
            return reject({error : 'User not found'});
          }

          user.exec(function(userdata, error) {
              if(userdata){
                return resolve(userdata);
              } 
              if(error){
                 return reject({error : 'Error while executing query'});
              }
           });
        });
    });
}

Eu realmente não entendo por que você está importando Users Model Curtiu isso. Eu não acho que Node será capaz de buscá-lo assim.

E, você deve exigir mongoose em seu server.js

Para pegar a rejeição, você precisa do seguinte código:

UserFactory.userNameToId(id).then( function(response){
  if(response.error){
    console.log('error '+response.error);
  }
  if(response){
    console.log('Got response '+response);
  }
});