Parece que você está perdendo o argumento "sort" em sua consulta.
Tente algo como:
db.collection('counters').findAndModify(
{_id:'productId'},
{_id:'descending'},
{$inc: {sequence_value:1}},
function(err,data){
if(!err)
callback(data);
else
callback(err);
});
Veja mais aqui:http://docs.mongodb.org/ manual/reference/method/db.collection.findAndModify/
