Tentando excluir uma referência de objeto no MongoDB com mangusto no NodeJS

Como você realmente chama o deleteOne() para usuário? Você o chama no User Model ou em uma instância dele?

Isso parece relevante de acordo com a documentação do parâmetro pre hook options:

[options.document] «Boolean» Se name for um gancho para middleware de documento e de consulta, defina como true para executar no middleware de documento. Por exemplo, defina options.document como true para aplicar este gancho a Document#deleteOne() em vez de Query#deleteOne().

https://mongoosejs.com/docs/api.html#schema_Schema-pre

Eles ainda fornecem um exemplo:

toySchema.pre('deleteOne', function() {
  // Runs when you call `Toy.deleteOne()`
});

toySchema.pre('deleteOne', { document: true }, function() {
  // Runs when you call `doc.deleteOne()`
});