Basicamente, vou dar um tapa no meu comentário como resposta:

Para explicar mais, quando você usa findAndModify para $inc e retornar da coleção de contadores que _id deve então ser única a execução desse script e, portanto, a consequente inserção de um documento. Basicamente não haveria condição de corrida neste método.

Isso significa que você precisará de algum tipo de função pai como insertWithAI que fará o primeiro retorno de chamada usando findAndModify para encadear o último retorno de chamada de inserção, mas no final do dia você deve precisar apenas de dois retornos de chamada.