Para atualizar o elemento de um array que é a variável de um item de coleção, você pode fazer isso:

1. 
   Obtenha a matriz:
   
   var arr =Events.findOne({_id:eventId}).confirms;
   
2. 
   Faça sua operação
   
3. 
   Atualize o array antigo com o array modificado:
   
   Events.update({_id:eventId}, {$set:{confirms:arr}});
   

Em caso de problemas com o passo 2:você pode iterar através do array verificando se this.person ===personId então defina this.confirmed =isConfirmed &this.timestamp =new Date.

Pode haver maneiras de operar em matrizes dentro do Mongo, mas esta funciona com certeza.