Eu acho que você está falando de driver, não do PHP em si. O PHP não tem suporte interno para acessar \Mongo* classes até que você compile e carregue uma extensão especial.

Como você está falando sobre a versão mais recente do MongoDB, acho que você não poderia usar algumas partes de sua funcionalidade porque tinha algum driver antigo (digamos, 1.2.12). Quando você atualizou o PHP, provavelmente também atualizou o driver para a versão estável mais recente (1.3.0). Essa versão do driver foi enviada há alguns dias e suporta todos os recursos mais recentes que o MongoDB fornece.

De qualquer forma, se você quiser verificar qual versão do driver você tem, você pode chamar phpinfo(8) do seu PHP e veja a saída do mongo seção, onde a versão do driver é exibida.