Alguns pontos a serem respondidos podem ser:

• A interseção de índice é limitada a dois índices por vez:(https://jira. mongodb.org/browse/SERVER-3071 )

• 
  A interseção de índice não é um substituto para índices compostos, mas meramente, como $where para ser usado quando você não tem escolha real. A interseção de índice não é a maneira mais rápida nem mais escalável de encontrar documentos em uma coleção, portanto, você deve ter cuidado com a quantidade de interseções que usa.
  
• 
  Também é bom observar que há limitações sobre exatamente quais índices o MongoDB pode cruzar:http://docs.mongodb.org/manual/core/index-intersection/#index-intersection-and-sort