alterar o agregado do mongodb do documento chave

Para criar um objeto aninhado com chave dinâmica, você precisa usar $ arrayToObject que recebe um array de chaves (k ) e values (v ) como parâmetro. Então você pode usar $replaceRoot para promover esse novo objeto a um nível raiz. Você precisa do MongoDB 4.0 para converter ObjectId para string usando $toString operador

db.col.aggregate([
    {
        $replaceRoot: {
            newRoot: {
                $arrayToObject: {
                    $let: {
                        vars: { data: [ { k: { $toString: "$_id" }, v: "$serie" } ] },
                        in: "$$data"
                    }
                }
            }
        }
    }
])

Saídas:

{
    "5b97f6cea37f8c96db70fea9" : {
            "_id" : ObjectId("5a55f988b6c9dd15b47faa2a"),
            "updatedAt" : ISODate("2018-02-09T13:22:54.521Z"),
            "createdAt" : ISODate("2018-01-10T11:31:20.978Z"),
            "deletar" : false,
            "infantil" : false,
            "status" : true,
            "turma" : [ ]
    }
}

Se você quiser se livrar de _id em seu resultado, você pode especificar campos explicitamente em v Curti:

v: { updatedAt: "$serie.updatedAt", createdAt: "$serie.createdAt", ... }