Respondendo minha própria pergunta
Consegui resolver o problema alterando:
User.findOne(req.user._id, function (err, user) { [...] });
Nisso:
User.findById(req.user._id, function (err, user) { [...] });
User.findOne(req.user._id, function (err, user) { [...] });
User.findById(req.user._id, function (err, user) { [...] });