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Mangusto, classificar com base na chave estrangeira/preenchida


Usando $lookup (que executa a junção externa esquerda, semelhante ao sql) no pipeline de agregação pode resolver isso:
router.get('/',function(req,res,next){  
    AgendaCompromisso.aggregate([
    {
        $lookup:
        {
            from: "profissionais", //use the name of database collection not mongoose model
            localField: "profissional",
            foreignField: "_id",
            as: "profissional_doc"
        }
    },

    {
        $unwind: "$profissional_doc"  //remove array
    },

    {
        $sort: {"profissional_doc": -1}  // or {"profissional_doc": 1} for ascending
    }
    ])
    .exec( (err,data) => {
        callback(err,data,res)
    })
});

Apenas uma observação, para pesquisa, você precisa do mongodb versão 3.2 ou superior.