Você provavelmente precisa escrever um gancho em Erlang. Consulte a documentação do jabberd para eventos e ganchos Especificamente este:

user_send_packet(From, To, Packet) -> ok

Use o driver erlang para mongodb . Se isso for "impossível"/"muito difícil", sugiro que você chame um script PHP/Python/Ruby que apenas armazene a mensagem no mongodb. É fácil de fazer, mas não vai escalar muito bem.

Espero que isto ajude.

Alguns links:exemplos de driver mongodb-erlang Erlang

PS:Já faz algum tempo desde que eu usei eJabberd. Quaisquer correções são bem-vindas.