Eu não acho que você possa fazer isso sem um pojo ao usar spring-data. O mínimo que você poderia fazer é isso
public interface NoPojoRepository extends MongoRepository<DummyPojo, String> {
}
e crie um pojo fictício com apenas id e um Map.
@Data
public class DummyPojo {
@Id
private String id;
private Map<String, Object> value;
}
Como esse campo de valor é um mapa, você pode armazenar praticamente qualquer coisa.