O problema está em algum lugar na compatibilidade do mangusto com a multidão.
Ele dispara um novo evento "connect" para cada "thread" e você exclui o documento em connect https://gist.github.com/wootwoot1234/49cb7d082850d93f8cd03da164644cfb#file-index-js-L100 :
db.once('open', async function() {
await Message.deleteOne(messageQuery); // <=== remove it from here to fix the problem
throng({
worker: start,
count: 50,
lifetime: Infinity
});
});
Deve ser por causa da maneira como o throng isola as variáveis globais entre os encadeamentos, o pool de conexões em particular. Por padrão, o pool de conexões do mongoose é 5, o que significa que não há mais de 5 conexões com o banco de dados por vez. O driver os mantém abertos e reutilizados para economizar no custo de conexão.
Se você verificar o monitoramento de conexões do Atlas, verá algumas 100 conexões extras ao executar este script.