Acredito que o campo ts seja na verdade um Timestamp campo, o console apenas tenta simplificá-lo para você (o que o torna muito enganoso). Você pode fazer a consulta assim e deve funcionar:
db.oplog.rs.find({ ts: Timestamp(1335200998000, 540)});
Você pode usar $gte e $lte normalmente:
db.oplog.rs.find({ ts: {$gte: Timestamp(1335100998000, 1)}});
db.oplog.rs.find({ ts: {$lte: Timestamp(1335900998000, 1)}});
O segundo argumento é um ordinal incremental para operações dentro de um determinado segundo.
