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Pesquisa agregada do Mongoose - Como filtrar por id específico


Você pode usar abaixo aggregation com mongodb 3.6 e acima

Você precisa apenas usar $match com a coleção filha como você faz com a coleção pai no primeiro estágio. 
db.BusinessCollection.aggregate([
  { "$match": { "clinics": { "$type": "array" }}},
  { "$lookup": {
    "from": "ClinicsCollection",
    "let": { "clinics": "$clinics" },
    "pipeline": [
      { "$match": {
        "$expr": {
          "$and": [
            { "$in": ["$_id", "$$clinics"] },
            { "$not": { "$eq": ["$_id", 1] }}
          ]
        }
      }}
    ],
    "as": "clinics"
  }}
])