Não é possível fazer desta forma. distinto é um comando de banco de dados e
--query A opção permite usar apenas uma consulta
para filtrar documentos. Se você estiver usando o mongodb v3.4 ou posterior, poderá usar visualizações para agregar sua coleção e exportá-la da visualização.
Primeiro, crie a visualização no shell do mongo:
db.createView("distinctCollectionUid", "collection", [{ $group: { _id: "$uid"}}]);
Em seguida, exporte:
mongoexport -d db -c distinctCollectionUid --type=csv -f "_id" -o distinctUid.csv
