Verifique a seção 'Atualizando Refs' da documentação sobre preenchimento do Mongoose .

Você verá lá, no exemplo, que ainda deve salvar tanto o Request e User documentos que você criou. (No exemplo, eles primeiro salvam o usuário 'guille' e, no retorno de chamada, salvam a 'história'. )

No Mongoose, SubDocs salvar quando um documento pai salva, mas .populate não faz isso.