Suspeito da declaração de dependência do par mongoskin especificando ~1.4 é o seu problema. Para confirmar, execute diretamente npm install [email protected] e escreva um arquivo de teste que requer mongodb diretamente e se conecta e consulta seu banco de dados. Eu suspeito que funcionará bem, o que confirmará que a dependência de pares mongoskin é o problema. Você pode precisar registrar um problema com o mongoskin e pedir que eles atualizem para oferecer suporte às versões 2.x do node-mongodb-native.