db.collection.find({plays.clicks.0: {$exists:true}})

é a sintaxe correta, no entanto, à medida que plays é uma lista que a consulta corresponderá a qualquer documento que tem cliques em plays . Não há como recuperar um subconjunto de um Array para subelementos dessa maneira[1]. Existe um ticket para sub/coleções virtuais[2]

[1] http://www. mongodb.org/display/DOCS/Retrieving+a+Subset+of+Fields#RetrievingaSubsetofFields-RetrievingaSubrangeofArrayElements

[2] https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-828