Por causa do seu tipo:
db.companies.find({exchange: 'OTC'})
É uma classificação natural e, como sua atualização provavelmente não está em vigor para esses 1.100, está fazendo com que alguns documentos sejam movidos para o final das listas vinculadas internas do MongoDB, que é a ordem de classificação padrão; como tal, você está recebendo documentos duplicados.
Classifique sua consulta com algo como _id ou qualquer outra coisa, apenas algo.
