Eu acho que você precisará descer para o driver ruby para fazer isso, pois não acho que você possa fazer isso com o próprio MongoMapper:
subscribedToThread = Comment.collection.distinct("user_id", {:subscribe_thread => 1})
Chamar o método de coleção em um modelo retorna a coleção como seria fornecida diretamente pelo driver Ruby para que você possa emitir uma consulta distinta usando a sintaxe abaixo:
collection.distinct(key, query = nil)
Você pode ler mais sobre isso aqui