Isto é o que eu estava procurando:
conditions = { _id : user._id , 'myArmy.mySoldiers._id' : soldierId};
update = {
$set: {
'myArmy.balance': balanceToSet,
'myArmy.fans' : fansToSet,
'myArmy.tokens' : tokensToSet,
'myArmy.mySoldiers.$.skill' : skillToSet,
'myArmy.mySoldiers.$.stamina': staminaToSet,
'myArmy.mySoldiers.$.moral' : moralToSet
}
}
Isso me deu o resultado que eu queria, antes de inserir acidentalmente a consulta de condição com a atualização ...