Outra maneira de resolver isso é simplesmente criar um arquivo em lote que execute o comando mongod com os parâmetros especificados. Para fazer isso, abra um arquivo de texto, faça seu conteúdo:
mongod --dbpath "C:\Program Files\MongoDB\data\db"

Em seguida, salve o arquivo com uma extensão .bat e coloque-o no diretório em que mongod.exe está. Sempre que você executar o mongod, em vez disso, execute o arquivo em lotes e você alterou efetivamente o dbpath padrão no Windows.