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Reformule todos os documentos da coleção


Você pode usar a aggregation especialmente o $project operador para isso. O $out O operador permite que você escreva o resultado em outra coleção.
db.collection.aggregate([
    { "$project": {
        "_id": "$_id", 
        "name": "$item.name",
        "price": "$item.price", 
        "quantity": "$item.quantity", 
        "date": "$item.date"}
    }, 
    { "$out": "collection"}
])

Seus documentos agora se parecem com isso:
{
    "_id" : 1,
    "name" : "abc",
    "price" : 10,
    "quantity" : 2,
    "date" : ISODate("2014-03-01T08:00:00Z")
}

Você também pode substituir a coleção pré-existente, dando à nova coleção de resultados o mesmo nome, mas este.