Se não me engano, as configurações do Meteor são usadas apenas para implantação.
Para usar outro MongoDB que não o local no Windows durante o desenvolvimento, você pode criar um arquivo de lote (*.bat) contendo os seguintes comandos na pasta do seu aplicativo Meteor:
SET MONGO_URL=mongodb://localhost:27017/name_of_the_db
meteor
(Considerando que seu servidor MongoDB está escutando em localhost:27017 que são as configurações padrão)
