A principal razão para usar o MapReduce em consultas mais simples ou mais tradicionais é que ele simplesmente pode fazer coisas (ou seja, agregação) que consultas simples não podem.
Quando você precisar de agregação, há duas opções usando o MongoDB:MapReduce e o comando group. O comando group é análogo ao "group by" do SQL e é limitado por ter que retornar todos os seus resultados em uma única resposta do banco de dados. Isso significa que o grupo só pode ser usado quando você tiver menos de 4 MB de resultados. O MapReduce, por outro lado, pode fazer qualquer coisa que um "grupo por", mas gera resultados para uma nova coleção para que os resultados possam ser tão grandes quanto necessário.
Além disso, o paralelismo está chegando, então é bom ter alguma prática :)