Há um erro na sua consulta em
owners campo:Territories.update({
_id: template.data._id,
owners: {
$elemMatch: {
_id: this._id
}
},
{
$push: {
'owners.$.notes': {
title: "First Title"
}
}
})
Você não poderá atualizar diretamente do lado do cliente porque usa
owners campo e apenas _id é permitido. Para resolver isso, você pode atualizar usando Meteor.methods e chame esse método do lado do cliente. 
