Use a notação de ponto para acessar os documentos da matriz incorporada. Por exemplo, para consultar o
Post comentários com um created_at entre date1 e date2 :Post.find({ "comments.created_at": { $gt: date1, $lt: date2 }}, function (err, docs) {
...
});
ATUALIZAÇÃO
Obrigado pela edição; agora entendo que você está tentando filtrar os comentários de uma única postagem por
created_at encontro. Você não pode fazer isso diretamente com as consultas do MongoDB, mas acredito que você possa fazer isso com a estrutura de agregação 2.2 se estiver nessa versão. Dê uma olhada na discussão desta solicitação de recurso
no Jira para obter exemplos. 
