A partir da versão 3.2, o MongoDB não possui um sistema cronjob integrado (com exceção dos trabalhos de exclusão automática de índice TTL, mas eles não ajudarão você a resolver esse problema).

Isso significa que você terá que usar uma ferramenta externa para iniciar o shell mongo com sua consulta como parâmetro para ele. Existem inúmeras ferramentas disponíveis para isso, algumas integradas em todos os sistemas operacionais comuns e outras na forma de ferramentas de terceiros. Existem muitas opções para listar todas e qual é a melhor depende de sua infraestrutura de TI e do que seus administradores de sistema preferem.