Você precisa usar
$pull operador de atualização que leva a consulta para corresponder e excluir todas as linhas correspondentes na matriz incorporada. Algo como
public List<String> removeTripObject( List<String> tripIds ) {
Query query = Query.query( Criteria.where( "tripGcsId" ).in( tripIds ) );
Update update = new Update().pull("trips", query );
getMongoTemplate().updateMulti( new Query(), update, "ORDER" );
return updatedOrders;
}
Referência
https://docs.mongodb.com/manual/reference/operator/update/pull/#remove-items-from-an-array-of-documents
