Parece que o mongo pode fazem isto.
Por exemplo, se eu tiver os seguintes documentos:
{ a:{ b:[ {c:1}, {c:5 } ] } }
{ a:{ b:[ {c:0}, {c:12} ] } }
{ a:{ b:[ {c:4}, {c:3 } ] } }
{ a:{ b:[ {c:1}, {c:9 } ] } }
E execute o seguinte:
db.collection.find({}).sort({ "a.b.c":1 });
// produces:
{ a:{ b:[ {c:0}, {c:12} ] } }
{ a:{ b:[ {c:1}, {c:5 } ] } }
{ a:{ b:[ {c:1}, {c:9 } ] } }
{ a:{ b:[ {c:4}, {c:3 } ] } }
db.collection.find({}).sort({ "a.b.c":-1 });
// produces:
{ a:{ b:[ {c:0}, {c:12} ] } }
{ a:{ b:[ {c:1}, {c:9 } ] } }
{ a:{ b:[ {c:1}, {c:5 } ] } }
{ a:{ b:[ {c:4}, {c:3 } ] } }
Como você pode ver, a classificação por
{"a.b.c":1} leva o min de todos os valores na matriz e classifica nele, enquanto a classificação por {"a.b.c":-1} leva o máximo de todos os valores. 
