Consultando, filtrando e atualizando arrays aninhados de vários níveis no MongoDB usando C#

Você deve usar $[] operador posicional múltiplo, vou tentar escrever o que você deve usar para o código que você colou:

var baseFilter = Builders<Project>.Filter.Eq("ProjectID": 1);
var update = Builders<Project>.Update.Set("ProjectTasks.$[i].Comments.$[j].CommentDescription", comment.CommentDescription);

var arrayFilters = new List<ArrayFilterDefinition>
{
    /* change the type names here if they have different names, I just guessed */
    new BsonDocumentArrayFilterDefinition<ProjectTask>(new BsonDocument("i.ProjectTaskID", projectTaskID)),
    new BsonDocumentArrayFilterDefinition<Comment>(new BsonDocument("j.CommentId", commentID))
};

var updateOptions = new UpdateOptions { ArrayFilters = arrayFilters };

await Collection.UpdateOneAsync(baseFilter, update, updateOptions);