MongoDB
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Realizar uma atualização no caminho '_id' modificaria o campo imutável '_id'


Parece que você só precisa atualizar um Inventory registro. Você pode simplesmente fazer isso:
app.put("/api/inventory/:sku", (req, res, next) => {
  return Inventory.updateOne(
    { sku: req.params.sku },  // <-- find stage
    { $set: {                // <-- set stage
       id: req.body.id,     // <-- id not _id
       sku: req.body.sku,
       total_qty: req.body.total_qty,
       current_qty: req.body.current_qty
      } 
    }   
  ).then(result => {
    res.status(200).json({ message: "Update successful!" });
  });
});

Não há necessidade de criar um novo Inventory etc, pois tudo que você precisa é atualizar um existente baseado em sku

Aqui está mais documentação sobre updateOne