Você pode rejeitar o gancho se um evento estiver faltando, o stripe tentará mais tarde, mas se você quiser que isso aconteça rapidamente, você pode fazer um pequeno loop esperando no máximo 10 segundos e quem verifica a cada segundo se o evento ausente chegou).

Estou com o mesmo problema ao atualizar um plano de cobrança, o evento invoice.updated chega antes do invoice.created...