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Mongoose/Mongodb:Excluir campos de dados de consulta preenchidos


O segundo parâmetro de populate é uma string de seleção de campo, então você pode fazer isso como:
Author
  .findOne({personcode: code})
  .select('-_id -__v')
  .populate('bookids', '-_id -__v')
  .exec(function (err, data) {
    //foo
});

Observe que você deve combinar suas seleções de campo em uma única string.