Resposta curta:sim.

Os índices estão caindo na queda da coleção. Você precisa recriar um índice.

Você pode querer não descartar a coleção, mas remover todos os itens dela com db.collection_name.remove({}) . Levará mais recursos, mas deixará seus índices. Na verdade, ele precisará excluir todos os dados de índice. É por isso que é mais preferível descartar toda a coleção e recriar os índices depois disso.