Como usar a agregação do MongoDB para paginação?

Para calcular os totais e retornar um subconjunto, você precisa aplicar agrupamento e pular/limitar ao mesmo conjunto de dados. Para isso você pode utilizar facetas

Por exemplo, para mostrar a 3ª página, 10 documentos por página:

db.Order.aggregate([
    { '$match'    : { "company_id" : ObjectId("54c0...") } },
    { '$sort'     : { 'order_number' : -1 } },
    { '$facet'    : {
        metadata: [ { $count: "total" }, { $addFields: { page: NumberInt(3) } } ],
        data: [ { $skip: 20 }, { $limit: 10 } ] // add projection here wish you re-shape the docs
    } }
] )

Ele retornará um único documento com 2 campos:

{
    "metadata" : [ 
        {
            "total" : 300,
            "page" : 3
        }
    ],
    "data" : [ 
        {
            ... original document ...
        }, 
        {
            ... another document ...
        }, 
        {
            ... etc up to 10 docs ...
        }
    ]
}