Autor do MongoEngine aqui - o MongoEngine é construído sobre o pymongo, então é claro que você pode usar o pymongo - ou usar o pymongo bruto em seu código!
Existem alguns ajudantes de documentos que permitem acessar métodos pymongo brutos no MongoEngine, por exemplo:
class Person(Document):
name = StringField()
# Access the pymongo collection for the Person document
collection = Person._get_collection()
collection.find_one() # Use raw pymongo to query data
