Tente
$unset em uma chamada para update() . Assim:
db.collection_name.update({ _id: 1234 }, { $unset : { description : 1} })
E, como vikneshwar comentou, se você quiser remover um campo de todos (ou vários) documentos, você pode usar
updateMany() assim:db.collection_name.updateMany({}, { $unset : { description : 1} })
