Você precisará de dois grupos neste caso. O primeiro grupo gera um fluxo de documentos com um documento por termo e categoria:
{ $group : {
_id : {
category: "$category",
term: "$term",
},
total: { $sum : 1 }
}
}
Um segundo grupo mesclará todos os documentos com o mesmo termo em um, usando o operador $push para mesclar as categorias em uma matriz:
{ $group : {
_id : "$_id.category",
terms: {
$push: {
term:"$_id.term",
total:"$total"
}
}
}
}