Eu enfrentei um tipo de problema semelhante e, depois de pesquisar muito, descobri que era devido à versão mais antiga do mangusto, pois as versões anteriores não são compatíveis com alterações no MongoDB 3.6 e superior.
Atualizei a versão do mangusto um por um e descobri que funciona perfeitamente bem com a versão do mangusto
4.12.2
ou acima de ([email protected]).
Você pode atualizar sua versão do mangusto executando o seguinte comando:
npm install [email protected]