Distinct consulta no mongo com condição funciona assim db.Article.distinct("Comment.Reply.ip",{"Comment.Reply.email" : "xxx"})
não de outra forma
EDITAR:
Eu entendo o problema agora, para corresponder/filtrar subdocumentos, precisamos usar o operador $elemMatch, assim
db.Article.distinct("Comment.Reply.ip",{Comment: {$elemMatch: {"Reply.email" : "xxx"}}})
mas isso não funcionará se o subdocumento contiver sub matrizes (no seu caso, você tem matriz de respostas). Há um problema existente $elemMatch no subArray é aberto. E está planejado para o mongo 2.1. Você pode conferir o link para mais informações
