No MongoDB, a ordem dos campos em um documento é realmente significativa, e todos os drivers de linguagem fornecem um meio de especificar documentos dessa maneira, mesmo que a linguagem de programação subjacente não tenha esse conceito.

O formato de documento que o MongoDB usa em seu shell é semelhante a JSON, mas não JSON estrito. Entre outras coisas, a ordem dos campos é sempre preservada.

Em Javascript, o padrão define os campos como não ordenados, então as implementações são livres para ignorar/não preservar a ordenação. Mas na prática, todas as implementações preservam a ordenação. Em particular, o V8 engine preserva a ordenação, que é o mecanismo usado em node.js então não há problema.