Precisa de conselhos para projetar banco de dados em mongodb com mangusto

Você precisa ter uma coleção de exames separada para isso. (É como a tabela intermediária (associativa) em bancos de dados relacionais.)

Uma forma de resolver isso é usando o preenchimento virtual. Com o preenchimento virtual não precisamos manter referências aos exames, o que simplificará quando um exame for adicionado, atualizado ou excluído. Porque apenas a coleção de exames precisará ser atualizada.

paciente.js

const mongoose = require("mongoose");

const patientSchema = new mongoose.Schema(
  {
    name: String
  },
  {
    toJSON: { virtuals: true }
  }
);

// Virtual populate
patientSchema.virtual("examinations", {
  ref: "Examination",
  foreignField: "patientId",
  localField: "_id"
});

module.exports = mongoose.model("Patient", patientSchema);

hospital.js

const mongoose = require("mongoose");

const hospitalSchema = new mongoose.Schema(
  {
    name: String
  },
  {
    toJSON: { virtuals: true }
  }
);

// Virtual populate
hospitalSchema.virtual("examinations", {
  ref: "Examination",
  foreignField: "hospitalId",
  localField: "_id"
});

module.exports = mongoose.model("Hospital", hospitalSchema);

exam.js

const mongoose = require("mongoose");

const examinationSchema = new mongoose.Schema({
  when: {
    type: Date,
    default: Date.now()
  },
  patientId: {
    type: mongoose.Schema.Types.ObjectId,
    ref: "Patient"
  },
  hospitalId: {
    type: mongoose.Schema.Types.ObjectId,
    ref: "Hospital"
  }
});

module.exports = mongoose.model("Examination", examinationSchema);

Como você vê, nossos esquemas de pacientes e hospitais são muito limpos, sem qualquer referência de exame.

Vamos ter esses pacientes existentes.

{
    "_id" : ObjectId("5e0f86d0ea3eb831a4845064"),
    "name" : "Patient 1",
    "__v" : NumberInt(0)
},
{
    "_id" : ObjectId("5e0f86dbea3eb831a4845065"),
    "name" : "Patient 2",
    "__v" : NumberInt(0)
}

Vamos ter esses hospitais existentes.

{
    "_id" : ObjectId("5e0f86feea3eb831a4845066"),
    "name" : "Hospital 1",
    "__v" : NumberInt(0)
},
{
    "_id" : ObjectId("5e0f8705ea3eb831a4845067"),
    "name" : "Hospital 2",
    "__v" : NumberInt(0)
}

Vamos ter esses exames existentes.

/* Patient 1 - Hospital 1 */
{
    "when": "2020-01-03T18:27:12.997Z",
    "_id": "5e0f878346e50d41d846d482",
    "patientId": "5e0f86d0ea3eb831a4845064",
    "hospitalId": "5e0f86feea3eb831a4845066",
    "__v": 0
},
/* Patient 1 - Hospital 1 */
{
    "when": "2020-01-03T18:27:12.997Z",
    "_id": "5e0f87a646e50d41d846d483",
    "patientId": "5e0f86d0ea3eb831a4845064",
    "hospitalId": "5e0f86feea3eb831a4845066",
    "__v": 0
},
/* Patient 1 - Hospital 2*/
{
    "when": "2020-01-03T18:27:12.997Z",
    "_id": "5e0f87c446e50d41d846d484",
    "patientId": "5e0f86d0ea3eb831a4845064",
    "hospitalId": "5e0f8705ea3eb831a4845067",
    "__v": 0
},
/* Patient 2 - Hospital 1 */
{
    "when": "2020-01-03T18:27:12.997Z",
    "_id": "5e0f87e046e50d41d846d485",
    "patientId": "5e0f86dbea3eb831a4845065",
    "hospitalId": "5e0f86feea3eb831a4845066",
    "__v": 0
}

Agora, se quisermos obter as informações de um paciente e seus exames, podemos usar o seguinte código:

app.get("/patients/:id", async (req, res) => {
  const result = await Patient.findById(req.params.id).populate("examinations");
  res.send(result);
});

O resultado será assim:

{
    "_id": "5e0f86d0ea3eb831a4845064",
    "name": "Patient 1",
    "__v": 0,
    "examinations": [
        {
            "when": "2020-01-03T18:27:12.997Z",
            "_id": "5e0f878346e50d41d846d482",
            "patientId": "5e0f86d0ea3eb831a4845064",
            "hospitalId": "5e0f86feea3eb831a4845066",
            "__v": 0
        },
        {
            "when": "2020-01-03T18:27:12.997Z",
            "_id": "5e0f87a646e50d41d846d483",
            "patientId": "5e0f86d0ea3eb831a4845064",
            "hospitalId": "5e0f86feea3eb831a4845066",
            "__v": 0
        },
        {
            "when": "2020-01-03T18:27:12.997Z",
            "_id": "5e0f87c446e50d41d846d484",
            "patientId": "5e0f86d0ea3eb831a4845064",
            "hospitalId": "5e0f8705ea3eb831a4845067",
            "__v": 0
        }
    ],
    "id": "5e0f86d0ea3eb831a4845064"
}

Podemos até preencher o hospital assim com uma população interna:

app.get("/patients/:id", async (req, res) => {
  const result = await Patient.findById(req.params.id).populate({
    path: "examinations",
    populate: {
      path: "hospitalId"
    }
  });

  res.send(result);
});

O resultado conterá as informações do hospital:

{
    "_id": "5e0f86d0ea3eb831a4845064",
    "name": "Patient 1",
    "__v": 0,
    "examinations": [
        {
            "when": "2020-01-03T18:27:12.997Z",
            "_id": "5e0f878346e50d41d846d482",
            "patientId": "5e0f86d0ea3eb831a4845064",
            "hospitalId": {
                "_id": "5e0f86feea3eb831a4845066",
                "name": "Hospital 1",
                "__v": 0,
                "id": "5e0f86feea3eb831a4845066"
            },
            "__v": 0
        },
        {
            "when": "2020-01-03T18:27:12.997Z",
            "_id": "5e0f87a646e50d41d846d483",
            "patientId": "5e0f86d0ea3eb831a4845064",
            "hospitalId": {
                "_id": "5e0f86feea3eb831a4845066",
                "name": "Hospital 1",
                "__v": 0,
                "id": "5e0f86feea3eb831a4845066"
            },
            "__v": 0
        },
        {
            "when": "2020-01-03T18:27:12.997Z",
            "_id": "5e0f87c446e50d41d846d484",
            "patientId": "5e0f86d0ea3eb831a4845064",
            "hospitalId": {
                "_id": "5e0f8705ea3eb831a4845067",
                "name": "Hospital 2",
                "__v": 0,
                "id": "5e0f8705ea3eb831a4845067"
            },
            "__v": 0
        }
    ],
    "id": "5e0f86d0ea3eb831a4845064"
}

Agora, com esse conhecimento, você mesmo pode implementar as operações de recuperação do lado do hospital.