MongoDB
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MongoDB .NET não está gerando _id no upsert


E é claro que eu encontro a resposta imediatamente após postar a pergunta. A partir desta resposta, a solução é adicionar um [BsonIgnoreIfDefault] atributo ao ID. No exemplo da pergunta seria:
public class MongoObject
{
    [BsonId(IdGenerator = typeof(StringObjectIdGenerator))]
    [BsonRepresentation(BsonType.ObjectId)]
    [BsonIgnoreIfDefault]    // <--- this is what was missing
    public string MongoID { get; set; }

    public int Index { get; set; }
}