Aqui está uma maneira mongusto de usar o operador $in.
User.find()
.where('fb.id')
.in([3225, 623423, 6645345])
.exec(function (err, records) {
//make magic happen
});
Acho a notação de ponto bastante útil para consultar subdocumentos.
http://mongoosejs.com/docs/queries.html
