O que eu vi feito e o que eu uso atualmente são matrizes incorporadas com ids de nó em cada documento.

Portanto, o documento user1 tem grupos de propriedades:[id1,id2]

E o documento group1 tem a propriedade users:[user1]. O documento group2 também possui a propriedade users:[user1].

Dessa forma, você obtém um objeto Grupo e seleciona facilmente todos os usuários relacionados, e o mesmo para o Usuário.

Isso dá um pouco mais de trabalho ao criar e atualizar o objeto. Quando você diz que 2 objetos estão relacionados, você precisa atualizar os dois objetos.

Há também um conceito DBReferences no MongoDB e, dependendo do seu driver, ele puxará os objetos referenciados automaticamente ao recuperar um documento.

http://www.mongodb.org/display/DOCS/Database+References#DatabaseReferences-DBRef