Você parece usar a API MQI para MQ, para a qual não há substituto disponível. Não há outra maneira senão reescrever a lógica do aplicativo MQ para usar a API JMS.
Uma boa maneira pode ser migrar primeiro para o JMS usando o mesmo servidor WebSphere MQ, pois ele permite verificar seus resultados de maneira confiável.
Você pergunta por quais classes substituir, digamos, MQGetOptions. Não há uma única substituição de 1 para 1 (há até alguns aspectos do MQI que o JMS não pode substituir facilmente). A maioria das MQPutOptions e outras opções estão disponíveis definindo parâmetros em sessões e mensagens no JMS. Você realmente precisa entender a API JMS antes de tentar essa opção.
Então, quando você tem jms trabalhando com WebSphere MQ, você pode fazer como Beryllium sugere, mas trocando as bibliotecas para Weblogic, mude qualquer referência para
com.ibm.mq.jms.MQConnectionFactory;
, configurando os novos parâmetros e reze para qualquer deus disponível - pressione executar :)