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Comportamentos estranhos com cursores aninhados oracle


Conforme mencionado em um comentário em sua pergunta anterior , seu segundo cursor não fica restrito ao empregado encontrado pelo primeiro cursor porque você não tem vínculo entre eles. Onde você tem:
and employee_id = employee_id

... ambos se referem à coluna da tabela para que não funcione como um filtro. Você deu à sua variável local o mesmo nome, o que confunde bastante as coisas, mas está fora do escopo de qualquer maneira - esse cursor não tem visibilidade do valor da variável definido no corpo principal do procedimento.

Você precisa fazer algo como:
CREATE OR REPLACE PROCEDURE sp_run_employee_updates (p_date IN DATE) IS
    update_sql varchar2(4000);
    first_update boolean;

    CURSOR c_employees IS
        SELECT DISTINCT employee_id
        FROM bi_employee_update
        WHERE effective_date = p_date
        AND executed = 'N' 
        AND activity_id = '0';

    CURSOR c_updates(cp_employee_id bi_employee_update.employee_id%TYPE) IS
        SELECT *
        FROM bi_employee_update
        WHERE effective_date = p_date
        AND executed = 'N' 
        AND activity_id = '0'
        AND employee_id = cp_employee_id
        FOR UPDATE;

BEGIN
    -- loop around all employees with pending records
    FOR r_employee IN c_employees LOOP
        -- reset the update_sql variable to its base
        update_sql :=  'UPDATE BI_EMPLOYEE SET ';
        -- reset the flag so we only add the comments etc. on the first record
        first_update := true;

        -- loop around all pending records for this employee
        FOR r_update IN c_updates(r_employee.employee_id) LOOP
            -- add the comments etc., only for the first update we see
            if first_update then
                update_sql := update_sql
                    || ' comments = ''' || r_update.comments || ''','
                    || ' updated_by = ''' || r_update.changed_by  || ''','
                    || ' updated_on  = ''' || r_update.changed_on ||  ''','
                    || ' effective_date = ''' || r_update.effective_date  || '''';  
                first_update := false;
            end if;

            -- add the field/value from this record to the variable
            update_sql := update_sql || ', '
                || r_update.column_name || ' = ''' || r_update.new_value || '''' ; 

            -- mark this update as executed
            UPDATE bi_employee_update
            SET executed = 'Y'
            WHERE CURRENT OF c_updates;

        END LOOP;

        -- apply this update to the bi_employee record
        update_sql := update_sql || ' WHERE emp_id = ' || r_employee.employee_id;

        DBMS_OUTPUT.PUT_LINE(update_sql);
        EXECUTE IMMEDIATE update_sql; 
    END LOOP;
END sp_run_employee_updates;

A diferença importante, na verdade, é que o segundo cursor agora tem um parâmetro, e o ID do funcionário do primeiro cursor é passado como esse parâmetro.

Além disso, IN_DATE é declarado como uma data, então você não precisa passar por TO_DATE() . Haverá conversões de data implícitas em outros lugares (datas efetivas etc.) porque você as está tratando como strings, mas desde que não tenham componentes de tempo, isso provavelmente não quebrará nada, pois deve ser consistente dentro o procedimento.